يتواجد قسم المخطوطات داخل صالة 4 بمعرض القاهرة الدولي للكتاب وفيه تتواجد مخطوطات بأعمار تصل لمئات السنوات.

والبداية مع مخطوطة كتاب الداء والدواء لابن القيم الجوزية المتوفي سنة 751 هجرية وهي مخطوطة في علم الطب مكتوبة بخط مغربي باستخدام لونين من المداد احمر واسود مع عدد سطور في الورقة يبلغ سبعة عشر سطرا وعدد اوراق 222.

هناك أيضًا مخطوطة كتاب أخبار مصر لابن إياس الحنفي المتوفى سنة 930 هجرية وهي مخطوطة في ذكر اخبار مصر وحدودها واسمائها وما فيها من العجائب و الغرائب والمخطوطة مكتوبة باستخدام لونين من المداد احمر واسود وعدد السطور في الورقة 23 وعدد أوراق المخطوطة 55.

هناك أيضا مخطوطة رسالة في بيان صفة التدريس والتأليف للشيخ محمد عبده إضافة إلى مخطوطات أخرى تشمل وثائق تاريخية مثل مذكرة للمندوب السامي مو طلاب جامعة الأزهر تعود لعام 1936 اعتراضا على الأحداث الواقعة بالأراضى الفلسطينية.